可以。
员工自动离职是指员工没有按照法律规定提前通知单位自行离开单位，那么单位是可以以此辞退员工，并且扣除员工部分奖励性待遇作为处罚，但是员工工资还是需要支付，需要员工在单位办理离职手续之后单位支付员工工资。
如果单位拒绝支付是可以申请劳动仲裁进行维权的。或者先向劳动监察大队投诉。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第三十九条 劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的；
(二)严重违反用人单位的规章制度的；
(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
(五)因本法第二十六条 第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
(六)被依法追究刑事责任的。
《工资支付暂行条例》
第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
第十八条 各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
第十九条 劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
✫✫✫✫✫有法律问题，请打电话15555555523（123中间8个5），微信同号，免费咨询✫✫✫✫✫法律分析：如果劳动者属于自动离职，没有行使解除劳动合同的权利，当自离一段时间后，按常理用人单位应该解除了劳动合同。如果劳动者需要解除劳动合同证明，完全可以要求用人单位提供，劳动者可以打电话到之前的公司人事处叫相关人员帮劳动者解除合同；如果用人单位拒绝，劳动者可以向劳动监察大队投诉可以向当地人力资源与社会保障局申请劳动仲裁要求企业解除劳动合同关系。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第七十七条 劳动者合法权益受到侵害的，有权要求有关部门依法处理，或者依法申请仲裁、提起诉讼。用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的
(二)未及时足额支付劳动报酬的
(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的
(五)因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的。用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
✫✫✫✫✫有法律问题，请打电话15555555523（123中间8个5），微信同号，免费咨询✫✫✫✫✫法律分析：员工自动离职是指员工没有按照法律规定提前通知单位自行离开单位，那么单位是可以以此辞退员工，并且扣除员工部分奖励性待遇作为处罚，但是员工工资还是需要支付，需要员工在单位办理离职手续之后单位支付员工工资。一般情况下，在办理好离职手续后就可以结工资了。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第九十条 劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。